COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.544788 20.625464
2021-03-21 17:00:00 21.410895 21.410895 20.597539
2021-03-20 17:00:00 20.398346 20.398346 20.588648
2021-03-19 17:00:00 21.939284 21.939284 20.666634
2021-03-18 17:00:00 20.691229 20.691229 20.638173
2021-03-17 17:00:00 19.589836 19.589836 20.549136
2021-03-16 17:00:00 18.734614 18.734614 20.437212

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 21.990741 10.082250 17.811391
2021-03-21 17:00:00 18.318630 18.318630 17.521873
2021-03-20 17:00:00 21.867612 21.867612 17.332718
2021-03-19 17:00:00 21.764092 21.764092 17.722337
2021-03-18 17:00:00 16.733068 24.043716 17.818630
2021-03-17 17:00:00 15.004936 15.004936 17.501642
2021-03-16 17:00:00 11.440907 11.440907 17.173656

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 11.111111 3.641882 17.286006
2021-03-21 17:00:00 19.459459 19.459459 17.561305
2021-03-20 17:00:00 23.407643 23.407643 17.888666
2021-03-19 17:00:00 16.315049 16.315049 17.926613
2021-03-18 17:00:00 25.942029 25.942029 17.887428
2021-03-17 17:00:00 17.573222 17.573222 17.749678
2021-03-16 17:00:00 17.510549 17.510549 17.598547

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 9.208973 9.208973 12.606241
2021-03-21 17:00:00 16.043614 16.043614 12.654703
2021-03-20 17:00:00 12.717883 12.717883 12.549355
2021-03-19 17:00:00 15.228838 15.228838 12.471145
2021-03-18 17:00:00 13.439787 13.439787 12.443915
2021-03-17 17:00:00 7.387141 7.387141 12.328257
2021-03-16 17:00:00 11.811622 11.811622 12.074751

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 36.799327 9.810954 14.692890
2021-03-21 17:00:00 15.847999 15.847999 15.052644
2021-03-20 17:00:00 16.241402 16.241402 15.375663
2021-03-19 17:00:00 12.898850 12.898850 15.866625
2021-03-18 17:00:00 13.696014 13.696014 16.162585
2021-03-17 17:00:00 20.120800 20.120800 16.554383
2021-03-16 17:00:00 18.226736 18.226736 16.917288

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 68.699319 38.307108 44.299717
2021-03-21 17:00:00 48.170012 48.170012 43.936786
2021-03-20 17:00:00 42.838019 42.838019 43.666378
2021-03-19 17:00:00 53.071417 53.071417 43.771209
2021-03-18 17:00:00 39.553055 39.553055 43.567489
2021-03-17 17:00:00 32.916328 32.916328 42.882903
2021-03-16 17:00:00 45.179975 45.179975 42.675725

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 29.347826 29.347826 22.494632
2021-03-21 17:00:00 20.554765 20.554765 22.245969
2021-03-20 17:00:00 21.282593 21.282593 22.257660
2021-03-19 17:00:00 21.885522 21.885522 22.106753
2021-03-18 17:00:00 24.338624 24.338624 22.046417
2021-03-17 17:00:00 20.836855 20.836855 22.028605
2021-03-16 17:00:00 22.414943 22.414943 22.016874

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.784156 8.319271
2021-03-21 17:00:00 9.871717 8.472334 8.318926
2021-03-20 17:00:00 8.604640 8.604640 8.327306
2021-03-19 17:00:00 10.769837 10.769837 8.299250
2021-03-18 17:00:00 9.064044 9.064044 8.257386
2021-03-17 17:00:00 7.765943 7.765943 8.193229
2021-03-16 17:00:00 7.007443 7.007443 8.119578

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.929368 12.233673
2021-03-21 17:00:00 17.949929 17.949929 12.150651
2021-03-20 17:00:00 16.630356 11.710240 12.060823
2021-03-19 17:00:00 15.288221 11.600430 12.113520
2021-03-18 17:00:00 11.452810 11.452810 12.132287
2021-03-17 17:00:00 11.358811 11.358811 12.103568
2021-03-16 17:00:00 13.061691 13.061691 12.002606

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 31.315085 31.315085 32.413354
2021-03-21 17:00:00 31.689360 31.689360 32.521048
2021-03-20 17:00:00 31.765949 31.765949 32.864530
2021-03-19 17:00:00 31.672598 31.672598 33.278933
2021-03-18 17:00:00 33.030800 33.030800 33.535179
2021-03-17 17:00:00 32.990448 32.990448 33.690800
2021-03-16 17:00:00 37.497786 37.497786 33.937001

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 31.812725 22.141296 22.508476
2021-03-21 17:00:00 24.196336 24.196336 22.106090
2021-03-20 17:00:00 22.181912 22.181912 21.985992
2021-03-19 17:00:00 23.736645 23.736645 21.987253
2021-03-18 17:00:00 23.475522 23.475522 21.860203
2021-03-17 17:00:00 18.476149 23.957459 21.609171
2021-03-16 17:00:00 15.549677 15.549677 21.010306

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 9.729730 9.729730 8.027352
2021-03-21 17:00:00 8.131241 8.131241 7.791232
2021-03-20 17:00:00 8.136483 8.136483 8.025482
2021-03-19 17:00:00 8.023483 8.023483 8.002000
2021-03-18 17:00:00 14.310954 14.310954 8.153201
2021-03-17 17:00:00 7.519531 7.519531 8.269394
2021-03-16 17:00:00 3.564356 3.564356 8.252797

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 0.024095 13.752456 46.020357
2021-03-21 17:00:00 43.930636 43.930636 47.288613
2021-03-20 17:00:00 46.215139 46.215139 48.924074
2021-03-19 17:00:00 59.905660 59.905660 50.135757
2021-03-18 17:00:00 53.054662 53.054662 51.834862
2021-03-17 17:00:00 45.533141 45.533141 52.792239
2021-03-16 17:00:00 67.829457 67.829457 54.529237

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 57.191463
2021-03-21 17:00:00 51.839465 51.839465 58.012985
2021-03-20 17:00:00 67.770419 67.770419 59.119535
2021-03-19 17:00:00 57.954545 57.954545 60.138244
2021-03-18 17:00:00 72.112676 72.112676 61.412694
2021-03-17 17:00:00 75.197889 75.197889 62.248091
2021-03-16 17:00:00 40.860215 40.860215 62.120902

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.319742 23.125318
2021-03-21 17:00:00 28.923026 28.923026 23.136552
2021-03-20 17:00:00 22.646499 22.646499 22.969253
2021-03-19 17:00:00 28.270918 28.270918 23.200176
2021-03-18 17:00:00 25.658611 25.658611 23.123574
2021-03-17 17:00:00 24.038072 24.038072 23.050077
2021-03-16 17:00:00 19.542071 19.542071 22.831172

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 39.867737 39.867737 31.232390
2021-03-21 17:00:00 48.342714 48.342714 30.435002
2021-03-20 17:00:00 36.620499 36.620499 29.848582
2021-03-19 17:00:00 28.141258 28.141258 29.334756
2021-03-18 17:00:00 40.107879 32.113273 28.896579
2021-03-17 17:00:00 24.053267 24.053267 28.269369
2021-03-16 17:00:00 18.383673 18.383673 27.656543

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.493600 5.742484
2021-03-21 17:00:00 7.625650 7.625650 5.678241
2021-03-20 17:00:00 4.206186 4.206186 5.554514
2021-03-19 17:00:00 6.027890 6.027890 5.414740
2021-03-18 17:00:00 6.859410 6.859410 5.354248
2021-03-17 17:00:00 4.435873 4.435873 5.192011
2021-03-16 17:00:00 3.451289 3.451289 5.077247

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 14.942787 14.942787 13.755380
2021-03-21 17:00:00 13.904913 13.904913 13.725967
2021-03-20 17:00:00 13.813814 13.813814 13.634395
2021-03-19 17:00:00 14.633731 14.633731 13.550948
2021-03-18 17:00:00 13.402412 13.402412 13.498686
2021-03-17 17:00:00 13.344710 13.344710 13.451622
2021-03-16 17:00:00 12.552477 12.552477 13.409336

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 17.319964 11.227103 12.172192
2021-03-21 17:00:00 13.677107 13.677107 12.160055
2021-03-20 17:00:00 13.582801 11.833228 12.106169
2021-03-19 17:00:00 12.280702 12.280702 12.029261
2021-03-18 17:00:00 13.200140 11.381085 11.885202
2021-03-17 17:00:00 12.284420 12.284420 11.748298
2021-03-16 17:00:00 13.289993 13.289993 11.631987

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 52.205882 9.232770 20.559246
2021-03-21 17:00:00 23.089431 23.089431 21.282734
2021-03-20 17:00:00 28.730823 28.730823 21.573278
2021-03-19 17:00:00 19.782609 19.782609 21.689720
2021-03-18 17:00:00 20.462850 20.462850 22.161238
2021-03-17 17:00:00 33.997901 33.997901 22.514183
2021-03-16 17:00:00 17.588496 17.588496 22.535309

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 39.694656 39.694656 19.242743
2021-03-21 17:00:00 11.666667 11.666667 19.121490
2021-03-20 17:00:00 18.373494 18.373494 18.584985
2021-03-19 17:00:00 29.439252 16.822430 18.577521
2021-03-18 17:00:00 19.170984 19.170984 18.364266
2021-03-17 17:00:00 10.698690 22.897196 17.565869
2021-03-16 17:00:00 8.304498 8.304498 16.810585

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-22 17:00:00 22.546541 42.082280 33.204974
2021-03-21 17:00:00 29.159772 29.159772 33.319482
2021-03-20 17:00:00 25.061305 25.061305 32.614963
2021-03-19 17:00:00 47.603675 47.603675 32.650969
2021-03-18 17:00:00 28.028012 28.028012 32.532340
2021-03-17 17:00:00 36.328967 36.328967 32.424819
2021-03-16 17:00:00 28.162963 28.162963 32.191693

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.990741 10.082250 17.811391
Basilicata 11.111111 3.641882 17.286006
Calabria 9.208973 9.208973 12.606241
Campania 36.799327 9.810954 14.692890
Emilia-Romagna 68.699319 38.307108 44.299717
Friuli Venezia Giulia 29.347826 29.347826 22.494632
Lazio 16.458065 6.784156 8.319271
Liguria 21.319797 10.929368 12.233673
Lombardia 31.315085 31.315085 32.413354
Marche 31.812725 22.141296 22.508476
Molise 9.729730 9.729730 8.027352
P.A. Bolzano 0.024095 13.752456 46.020357
P.A. Trento 25.559105 25.559105 57.191463
Piemonte 31.694103 16.319742 23.125318
Puglia 39.867737 39.867737 31.232390
Sardegna 12.096168 7.493600 5.742484
Sicilia 14.942787 14.942787 13.755380
Toscana 17.319964 11.227103 12.172192
Umbria 52.205882 9.232770 20.559246
Valle d'Aosta 39.694656 39.694656 19.242743
Veneto 22.546541 42.082280 33.204974

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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